Nas terras da atual Estância de Piraju viviam pequenas tribos indígenas Cayowás, em pontos próximos ao rio Paranapanema e outros riachos. Provavelmente, foram destes nativos que originou a primeira designação conhecida do local, “Tijuco Preto”, que pela linguagem tupi-guarani significa “caminho de entrada”.

A partir de 1800, aos poucos, o local passou a se tornar ponto de ligação entre as províncias de São Paulo e Paraná e parada de viajantes. Em razão da fertilidade da terra e abundância de água, alguns colonos foram se estabelecendo, até que, em 1860, as famílias Arruda, Faustino e Graciano doaram parte de suas propriedades para a criação do Patrimônio de São Sebastião.

Em 1871, foi instituída a Freguesia "São Sebastião do Tijuco Preto", pertencendo ao município de São João Batista do Rio Verde, hoje Itaporanga. Elevada à categoria de Vila, tornou-se município em 25 de abril de 1880, pela Lei Provincial 111, mas somente em 1891 recebeu sua denominação definitiva, "Piraju", derivada de "pira-yu" (peixe amarelo, em tupi-guarani).

Em 2002, transformou-se em Estância Turística, título atualmente restrito a um grupo de 29 municípios paulistas e que garante verbas estaduais adicionais para investimento turístico.

Em razão da destacada produção de café, durante a primeira metade do século passado, Piraju experimentou significativo progresso. Hoje, é conhecido internacionalmente pela produção de café de qualidade.

Vários investimentos públicos e privados estão sendo realizados, com a intenção de encontrar no turismo um modelo econômico gerador de renda e emprego.