O município de Eldorado possui uma geologia bastante diversificada. A mega zona de cisalhamento transcorrente dextral designada de Falha de Cubatão passa sobre a sede do município, localmente assume a denominação de Itapeúna, seguindo para o Paraná como Falha da Lancinha. A sudeste dessa falha ocorrem rochas gnaissico-migmatíticas e rochas metassedimentares de médio grau do Complexo Turvo-Cajati. A noroeste da falha, dominam rochas da Formação Votuverava, Grupo Açungui, que inclui filitos e localmente rochas metabásicas de baixo grau metamórfico. A famosa Caverna do Diabo situa-se sobre uma sequência de mármores metadolomíticos em estrutura sinformal da serra da Bandeira, serra da Tapagem ou serra do André Lopes, incluída na sequência Perau e separada das sequências Votuverava pela zona de cisalhamento Ribeira. Todas essas unidades geológicas são de idade proterozoica e também são cortadas por diques de diabásio de direção noroeste-sudeste do Alinhamento Estrutural de Guapiara, durante o Mesozoico, Cretáceo Inferior.