O esporte sempre fez parte do Governo do Estado de São Paulo, antes conhecida como DEFE – Departamento de Educação Física, e Esportes.
A Secretaria propriamente dita foi criada em 25 de janeiro de 1965, intitulada Secretaria de Estado dos Negócios de Esporte e Turismo do Estado de São Paulo regido pela Lei nº 8.663. Sendo governador do Estado, na época, o Dr. Adhemar de Barros.
Em 29 de dezembro de 1967, o Governador Roberto Costa de Abreu Sodré, considerando progressiva descaracterização da Secretaria do Governo como unidade de administração geral do Estado, e também diversidade de suas atribuições mais ligada à cultura e aos esportes, efetuou uma reforma administrativa das atividades de promoção social, cultura, educação física, esportes e turismo, e através do Decreto nº 49.165, a Secretaria passou a denominar-se Secretaria da Cultura, Esportes e Turismo do Estado de São Paulo.
Em 15 de março de 1975, no governo do Sr. Paulo Egydio Martins alterou a estrutura e a denominação da Secretaria de Cultura, Esportes e Turismo, criando a Secretaria de Estado dos Negócios de Esportes e Turismo pelo Decreto n° 5.929. Em 2001 com a gestão do Secretário Gabriel Chalita houve uma nova mudança com novo plano de trabalho para aumentar o apoio aos jovens no estado a Pasta passou a ser chamada Secretaria da Juventude, Esportes, e Lazer.
Em 2003 na gestão do Secretário de Estado Lars Gral, houve uma nova denominação, foi tirado o plural de “Esportes” e a Secretaria passa a ser chamada de Secretaria da Juventude, Esporte e Lazer.
Claury Alves da Silva entra como secretário de Estado no ano de 2007, e com uma estrutura diferenciada, e somada a inclusão do Turismo a Pasta fica intitulada como Secretaria de Esporte, Lazer e Turismo.
Conforme DECRETO Nº 56.635, de 01 de janeiro de 2011, a Secretaria de Esporte, Lazer e Turismo, passa a denominar-se Secretaria de Esporte, Lazer e Juventude na gestão de Roberto José Pagura como secretário de Estado, permanecendo este, o nome da Pasta até o presente momento.